主要原因有以下几个：
常见的是染色体异常，包括胚胎或者夫妇双方的染色体异常，导致胚胎不能正常着床及发育，夫妇双方若存在染色体异常的情况，需要做遗传咨询看能否获得属于自己的健康宝宝，对于胚胎染色体异常，可能发生在减数分裂、有些分裂中，女性高龄以及吸烟、酗酒等不良生活习惯会增加胚胎染色体异常的风险。
解决措施：面对染色体异常导致的生化妊娠，需要进行第三代试管婴儿技术才可以解决。因为试管婴儿一代二代是没有筛查染色体异常功效的，只有第三代试管婴儿技术才可以。所以也导致了不少试管婴儿人群前往海外求助第三代试管婴儿个技术。
内膜以及宫腔的畸形同样可能会导致内膜不足以使胚胎继续着床及发育。怀孕是两个人的事，精子质量差及其遗传物质的完整性都会影响胚胎质量以及发育的能力。
另外，据MHTC表示，研究发现一些精神心理因素如：工作劳累、精神紧张的状态下也会导致生化妊娠的发生和增加。
